有機食品認證申請
1) 申請人向分中心提出正式申請，領取《有機食品認證申請表》和交納申請費。
2) 申請人填寫《有機食品認證申請表》，同時領取《有機食品認證調查表》和《有機食品認證書面資料清單》等文件。
3) 分中心要求申請人按本標準的要求，建立本企業的質量管理體系、質量保證體系的技術措施和質量信息追蹤及處理體系。
預審并制定初步的檢查計劃
1) 分中心對申請人預審。預審合格，分中心將有關材料拷貝給認證中心。
2）認證中心根據分中心提供的項目情況，估算檢查時間（一般需要2次檢查：生產過程一次、 加工一次）。
3) 認證中心根據檢查時間和認證收費管理細則，制定初步檢查計劃和估算認證費用。
4) 認證中心向企業寄發《受理通知書》、《有機食品認證檢查合同》(簡稱《檢查合同》)并同時通知分中心。
簽訂有機食品認證檢查合同
1) 申請人確認《受理通知書》后，與認證中心簽訂《檢查合同》。
2 ) 根據《檢查合同》的要求，申請人交納相關費用的 50% ，以保證認證前期工作的正常開展。
3) 申請人委派內部檢查員（生產、加工各1人）配合認證工作，并進一步準備相關材料。
4) 所有材料均使用書面文件和電子文件各一份，拷貝給分中心。
初審
1)分中心對申請者材料進行初審，對申請者進行綜合審查。
2) 分中心將審核意見和申請人的全部材料拷貝給認證中心。
3) 認證中心審查并做出“何時”進行檢查的決定。
4) 當 審查不合格，認證中心通知申請人且當年不再受理其申請。
實地檢查評估
認證中心在確認申請者交納頒證所需的各項費用后。
1) 全部材料審查合格以后，認證中心派出有資質的檢查員；
2) 檢查員應從認證中心或分中心處取得申請人相關資料，依據《有機食品認證技術準則》[1]準則的要求，對申請人的 質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行實地檢查評估。
3) 必要時，檢查員需對土壤、產品抽樣，由申請人將樣品送指定的質檢機構檢測。
編寫檢查報告
1) 檢查員完成檢查后，按認證中心要求編寫檢查報告。
2) 檢查員在檢查完成后兩周內將檢查報告送達認證中心。
綜合審查評估意見
1) 認證中心根據申請人提供的申請表、調查表等相關材料以及檢 查員的檢查報告和樣品檢驗報告等進行綜合審查評估，編制頒證評估表。 2) 提出評估意見并報技術委員會審議。
認證決定人員/技術委員會決議
認證決定人員對申請人的基本情況調查表、檢查員的檢查報告和認證中心的評估意見等材料進行全面審查，做出 同意頒證、有條件頒證、有機轉換頒證或拒絕頒證的決定 。 證書有效期為一年。
當申請項目較為復雜（如養殖、漁業、加工等項目）時，或在一段時間內（如6個月）， 召開技術委員會工作會議，對相應項目作出認證決定：
認證決定人員/技術委員會成員與申請人如有直接或間接經濟利益關系，應回避。
1) 同意頒證。申請內容完全符合有機食品標準，頒發有機食品證書。
2) 有條件頒證。申請內容基本符合有機食品標準，但某些方面尚需改進，在申請人書面承諾按要求進行改進以后，亦可頒發有機食品證書。
3) 有機轉換頒證。申請人的基地進入轉換期一年以上，并繼續實施有機轉換計劃，頒發有機轉換基地證書。從有機轉換基地收獲的產品，按照有機方式加工，可作為有機轉換產品，即“轉換期有機食品”銷售。
4) 拒絕頒證。申請內容達不到有機食品標準要求，技術委員會拒絕頒證，并說明理由。
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